建武元年，即公元25年8月，刘秀抵达河阳，调吴汉等将包围困守洛阳的朱鲔，并下旨招降。
但朱鲔担心刘秀清算杀兄之仇，顽抗数月不愿投降，刘秀当即表示：举大事者不忌小怨！派人向朱鲔保证如果投降，决不清算，且官爵可保。
听到这保证，朱鲔降了，刘秀也履行了诺言，封其为平狄将军，扶沟侯，10月，刘秀入洛阳，定都于此。
洛阳既定，展望长安！
彼时，长安极度混乱，赤眉军拥立的傀儡小皇帝刘盆子（这名儿……真棒！）建立了建世政权，拥兵三十万，与刘玄争夺关中。
刘玄遣李松等将与赤眉军交战，大败而归，死伤惨重，加之刘玄多疑，怀疑诸将，滥杀臣下，将军王匡等归降赤眉军。
如此不过数月，更始政权土崩瓦解，刘玄也被迫向赤眉军请降，获封长沙王，后为赤眉缢杀。
刘邦：战时怀疑诸将，滥杀大臣？这脑子……
嬴政：朕不理解，但是朕大受震撼！
项羽：加一！
刘秀听说绿林军、赤眉军这两大起义军发生火并后，立刻派邓禹西入关中，以观时变。
此时，关中大饥，人竟相食，城郭为之一空，白骨露于野……
数十万赤眉军聚于长安，粮草不日即尽，只得撤出长安，西走陇右补充粮草，途中为割据陇右的隗嚣所败，时值严冬，岁逢大雪，坑谷皆满，士多冻死！
数十万赤眉军见此，只能再次折回长安，并击败趁机进驻长安的邓禹，迫使其退出长安。
闻听邓禹所率西征大军征战不利，刘秀即遣冯异前往关中，代替邓禹指挥西征大军。
冯异到后，邓禹、冯异率军再战赤眉军，复大败，冯异仅带少数亲信弃马步行才得脱身归营，邓禹则是败走宜阳。
战败之后，冯异收拢溃散军士，坚壁清野，没多久后，双方再战于崤底，双方均倾巢而出，直战至日头偏西。
大战之前，冯异曾严选精壮之士化妆成赤眉军，伏于道路两侧，见双方力衰时，作为伏兵杀出，以致赤眉军大败，被冯异迫降八万余人。
崤底一战，赤眉军再遭重创，加之粮草已尽，不得不再次转向东南，力图补充粮草、兵马，摆脱困境。
但很可惜，东、南两个方向都是死路，秀儿早已算到赤眉军败必走东、南，因而老早便派破奸将军侯进屯兵新安，建威大将军耿弇屯兵宜阳，在东、南两个方向堵截赤眉东归或南下之路。
不久后，当刘秀得知赤眉军主力南下宜阳时，即亲率大军驰援宜阳，与耿弇会师，共同阻击赤眉军。
刘秀亲率大军，于宜阳前线摆开阵势，大司马吴汉领兵为前锋，中军在后，骁骑、带甲士卒分列左右两侧。
长途行军，加之粮草匮乏，赤眉军士气已然低落到了极点，迎面撞上刘秀布下的重兵后，赤眉军根本无力再战，且身后还有冯异所率追兵，再回关中已无可能。
绝境之下，十余万赤眉军被迫请降，并向刘秀呈上得自刘玄处的传国玉玺、七尺宝剑。
至此，起自新莽天凤五年，纵横山东十余年的赤眉军宣告退出历史舞台。
刘彻：这秀儿……厉害！
刘彻无语了，别人都是几万几万的打，秀儿倒好，十多万十多万的收，这开挂实锤了。
在与赤眉军激战的同时，刘秀在关东一线派出虎牙将军盖延东征梁王刘永。
刘永，西汉梁孝王刘武八世孙，世代为梁王，居梁地（今河南商丘一带，并非古梁州），在梁地素有威名，声望极大。
（刘武，就是那个七国之乱时被汉景帝忽悠，帮忙挡住七国叛军的家伙）
王莽摄政后，刘永之父刘立因结连汉平帝外家卫氏，被王莽所杀，梁国随之除名。
更始帝刘玄称帝后，大封王爵，刘永被重新册封为梁王，仍居梁地，更始政权生乱后，刘永遂据国起兵。
以兄弟刘防为辅国大将军，沛人周建等豪杰为将帅，连克齐阴、山阴、沛、楚、淮阳、汝南等地二十八城，并遣使拜董宪为翼汉大将军，封海西王、张步为辅汉大将军，封齐王，连结兵马占据东方。
更始帝刘玄死后，刘永索性自称天子，在睢阳登基，胆大任性到不可思议。
对刘秀来说，近在睢阳的刘永绝对是威胁最大的军事集团，倒不是刘永有多强，实在是睢阳离洛阳太近了，时刻都在威胁洛阳的安全。
从建武二年开始，刘秀先后派虎牙将军盖延、建威大将军耿弇分别平定割据睢阳的刘永、割据青州的张步。
平定刘永没费多少工夫，但平定张步时，征伐可谓惨烈。
城中沟堑皆满，八九十里僵尸相属！简而言之，杀疯了！
与此同时，刘秀亲征海西王董宪，于桃城之战大获全胜，至建武六年初，公元30年，关东基本被平定。
自建武元年至建武六年，经过六年的东征西讨，除陇右、巴蜀之外的广大中原之地，基本被刘秀统一。
彼时正是天下三分，刘秀据中原，陇右为隗嚣占据，巴蜀为公孙述占据，鼎足之势已成，不过刘秀不是曹操，公孙述、隗嚣也不比刘备、孙权。